Tvrz téměř kruhového půdorysu vznikla snad již na přelomu 13. a 14. století. Nasvědčují tomu zlomky keramiky datovatelné do 13. století. Chodovská tvrz podle archeologických nálezů vyrostla zřejmě v místech dvorce sedláků, připomínaných již k roku 1185. Vznikla snad úsilím blíže neurčeného šlechtického rodu nakloněného křižáckému řádu Strážců božího hrobu nebo v zájmu tohoto řádu samotného. Křižovníci, jinak nazývaní  Jeruzalémští rytíři, sídlili na Zderaze (dnes v sousedství zástavby Karlova náměstí). Drželi jinde v Čechách, zejména na Mostecku, velká území s četnými obcemi. V průběhu 14. století se objevují jako majitelé Chodova a získávali další blízké pozemky.

Obvodová hradba tvrze na půdorysu o průměru asi 32 metrů, se vstupní věží, je částečně dochována ve vnějším zdivu. Uvnitř na ni navazovala menší obytná a hospodářská stavení a vyšší objekt v místech dnešního průchodu do nádvoří. Hradbu chránil vodní příkop o šířce až 10 metrů. Vedl přes něj dřevěný můstek, v závěru padací, do vstupní věže. Gotický portálek se částečně dochoval. Opracovaný článek kamenného obložení zdiva je nyní umístěn před příkopem jako památník. S tvrzí sousedil hospodářský dvůr, doložený písemně dřív jak ona.

Jeruzalémští rytíři upustili od držení zdejšího majetku hned počátkem husitských válek. Dvůr s tvrzí získal pražský husita Janek Puškař. Mezi lomovými kameny obvodního zdiva zachytil archeologický výzkum ve 20. století drobnou kamennou kouli z palné zbraně, odpovídající těm časům. Dvůr, tvrz a vesnici brzy v 15. století získala pražská patricijská rodina, větev rodu vladyk Žďárských z Chrástu. Držela majetek téměř sto roků a psala se Chodovští z Chrástu. V letech 1526 - 1558 následovali v držení jejich příbuzní Osovští z Adlaru a Muchkové z Bukova, po nich další rytířské rody. Tvrz prošla renesanční úpravou. Za třicetileté války přiřadili Chodov ke svému stále rostoucímu majetku Michnové z Vacínova. Rychle bohatnoucí rodina dosáhla povýšení mezi české panstvo. Dvůr, tvrz i vesnice ale válkou velmi utrpěly.

Poškozený majetek měnil majitele, až ho roku 1676 získali benediktini od sv. Mikuláše ze Starého Města pražského. Koncem 17. století dali dvůr radikálně přestavět, na místě tvrze vznikl barokní zámeček. Možná byl již tehdy prolomen dnešní široký průchod do nádvoří. Následujícími majitely byli Goltzové z Goltze na Kunraticích. Sídleli v pražském paláci na Staroměstském náměstí, dnes známém jako palác Kinských, a v kunratickém zámku. V závěru napoleonských válek chodovský zámeček přechodně získal František Rousseau z Happencourtu. Dal strhnout vstupní vížku a zahájil úpravy stavby v klasicistním stylu, na které upomínají arkády nádvoří. V průběhu přestavby převzala objekt a dvůr rodina Korbů z Weidenheimu, noví majitelé celého kunratického panství. Sloužil nadále jako obydlí správců dvora a částečně i hospodářský objekt, v poschodí byly udržovány pokoje pro příležitostné pobyty úředníků panství nebo vrchnosti. (Z tohoto prostředí bylo kolem poloviny 19. století zapsáno a publikováno několik historek rázu pověstí.) Když začal být dvůr pronajímán, objekt obdobně sloužil nájemcům.

Kunratický velkostatkář ve dvacátých letech 20. století prodal chodovský hospodářský dvůr s obytným objektem a se všemi pozemky pražské obci, která ho pronajímala nebo hospodářsky využívala. Dvůr po roce 1971 ustoupil potřebám pražské aglomerace při výstavbě páteřní komunikace - Türkovy ulice, která propojuje Prahu 4 s dálniční křižovatkou. Muzeum hl.m. Prahy zajistilo archeologický průzkum objektu zámečku a ten se dočkal v letech 1984 - 1989 zásadní rekonstrukce, která podtrhla dochované prvky středověké tvrze. V následujících dvaceti letech bylo provedeno několik stavebních a dalších úprav a oprav historické i provozní části.

Chodovská tvrz slouží jako kulturní zařízení, dnes středisko o. p.s. Kulturní Jižní Město, s tradicí výstavní galerie výtvarných děl, komorních koncertů vážné hudby, divadelních a vzdělávacích pořadů pro všechny generace. Stala se též vyhledávaným místem občanských obřadů a slavností: členové rady městské části zde oddávají novomanželské páry, vítají do života budoucí občánky, připomínají životní jubilea a předávají různá ocenění. Školy zde předávají výstupní vysvědčení a ceny za různé soutěže. V přízemí působí stylová restaurace s vlastním provozem. Tvrz je obklopena dvěma parky nabízejícími relaxaci, včetně různých herních prvků. .